打倒了敌人“汞合金”的九龙、盖茨等强敌，恢复了以往和平日常的“阵代高中”。但，这样的日子并未延续多久……。持续失态的“汞合金”开始正式向相良宗介等人发动袭击。世界各地的“秘银”基地遭到强袭！泰莎率领的Tuatha de Danaan所容身的“美利达岛”也遭到大量导弹、强袭机兵的攻击。另一方面，魔手也正在逼近日本的宗介与要！！宗介、要、泰莎等人，再度面临试炼！！！

故事背景设定为20世纪90年代的半架空世界，国际佣兵化军事组织“秘银”与国际恐怖组织展开着战斗，而在这过程中身为秘银特工的少年相良宗介，与他任务中的保护对象——高中生少女千鸟要相遇并展开了一段冒险之旅。